Cuando Mishiro era pequeño, la mitad de su alma fue devorada por una deidad con dientes. Desde entonces ha tenido que lidiar con espíritus llamados kotowari que residen en la oscuridad de las almas de las personas que están relacionadas con él, sin importar cuán distantes sean. Los kotowari son fragmentos de alma creados a partir del sufrimiento de una persona y normalmente solo pueden ser vistos, oídos y tocados por esa persona. Incluso si se destruye el kotowari, seguirá reapareciendo a menos que se resuelva la causa del sufrimiento. Poco después de transferirse a una escuela en una ciudad turística cargada de historia, Mishiro se encuentra con un kotowari y decide buscar a su dueño. Sin embargo, no hay solo una kotowari, ya que muchas otras chicas albergan su propio sufrimiento.
